El funcionamiento de las instancias de Emaús Europa está reglamentado por los Estatutos de la asociación.
Semejante al de cualquier estructura asociativa, el organigrama de la Región Europa se distingue por el vocabulario específico usado para designar a sus órganos directores. Este vocabulario, resultante de la descentralización del Movimiento, es común a todas las Regiones continentales de Emaús Internacional.
La Asamblea Regional, órgano supremo de Emaús Europa
El Consejo Regional, órgano político de Emaús Europa
El Ejecutivo Regional, órgano ejecutivo de Emaús Europa
El Presidente de Emaús Europa
La SREE, Secretaría Regional de Emaús Europa