El Consejo de administración, denominado Consejo regional, ejerce una función de dinamización, de seguimiento y de control de cualquier otro órgano de Emaús Europa, incluyendo al Comité que es su órgano ejecutivo. Se reúne al menos dos veces al año y, la Asamblea general que sólo tiene lugar cada 4 años, es quien valida las cuentas y los informes de actividad anuales.

Está compuesto de:

• El/la presidente/a de Emaús Europa elegido/a por la Asamblea regional.
• 12 consejeros/as de Emaús Internacional que a su vez son miembros del Consejo de administración de Emaús Europa y Emaús Internacional.
• Delegados/as nacionales, en este caso uno/a por país siempre que haya un miembro afiliado.